水系统中央空调的输送介质通常为水或化学溶液，它的基本原理与通常所说的风机盘管系统类似。通过室外主机产生出空调冷/热水，由管路系统输送至室内的各末端装置，在末端装置处冷/热水与室内空气进行热量交换，产生出冷/热风，从而消除房间空调负荷。它是一种集中产生冷/热量，但分散处理各房间负荷的空调系统型式。

此种系统一般难以引进新风，因此对于通常密闭的空调房间而言，其舒适性较差。

1. 室内采用风机盘管，独立区域内室温便于控制，但占用房间大量空间用与隐藏风机盘管的吊顶。
2. 风机盘管与外机通过铜管相连，氟立昂进入吊顶内，对人体造成不同程度的危害。
3. 安装施工工艺要求高。
4. 安装相对复杂：风冷冷水机组+风机盘管和一拖多变频空调系统的安装相对复杂得多，不但要安装室外机，每个房间根据大小还有一台到几台风机盘管或室内机需要安装（占用居室空间，需要局部吊顶掩饰），并且还需进行水路或氟利昂管路系统管件和阀门的安装和连接，冷凝水排放也需要考虑。
5. 配合装修困难：风冷冷水机组+风机盘管和一拖多变频空调系统一旦安装完毕，若想更改风口，就必须拆改风机盘管或室内机的位置，无法灵活配合住户的装修要求，而且水系统使用风机盘管，一至两年后冷凝水的原因会使隐藏风机盘管的吊顶发黄，影响居室美观。